
DIPLOMOV PRCE: DETEKCE CNV V BAKTERILNCH GENOMECH

----------------------------------------------------------------------------------------------------------

Zdrojov kdy pro mapovn dat k referenci:

Operan prosted: UBUNTU (verze 18.04.1 LTS)

Ovldn:
Pkazy pro vytvoen a namapovn simulovanch dat se nachz v souboru "Sim_data.txt"
Pkazy pro namapovn relnch dat se nachz v souboru "Real_data.txt"

Ke sprvnmu sputn pkaz je nutn mt nainstalovan nstroj pro mapovn ten BWA (verze
0.7.17), nstroj pro vytvoen simulovanch dat ART (verze MountRainier-2016-06-05) a balek nstroj SamTools (verze 1.7)

----------------------------------------------------------------------------------------------------------

Zdrojov kdy pro analzu dat:

Programov prosted:	MATLAB (verze R2018a)

Ovldn:
Analza namapovanch dat se spout pomoc skriptu Analysis_part_1.m. Po zadn identifikanho sla bakterilnho genomu lze spustit analzu na zklad pokryt a GC obsahu.
Analza na zklad vzdlenosti sekvennch ten se spout pomoc skriptu Analysis_part_2.m. Do tohoto skriptu je nutn zadat nzev souboru ve formtu .sam, kter obsahuje vysegmentovan sek poadovan k analze.

----------------------------------------------------------------------------------------------------------

! DLEIT!
Vzhledem k velikosti dat bakterilnch genom, nejsou tato data soust tohoto souboru.